Nigelladine A 与 SARS-CoV-2 的 Omicron 变体表现出良好的相互作用：一项计算机模拟研究中选定的化合物。
摘要来源：国际临床杂志。 2023；2023：9917306。 Epub 2023 年 2 月 20 日。PMID：36861057
摘要作者：Md Mehedy Hasan Miraz、Md Afif Ullah、Abdullah Al Nayem、Brototi Chakrobortty、Sanjoy Deb、Anee Laskar、Nishita Umaya Tithi、Nilay Saha、Anita Rani Chowdhury、K M Khairul Alam、 Tania Binte Wahed、Mohammad Khursheed Alam、Sukalyan Kumar Kundu
文章隶属关系：Md Mehedy Hasan Miraz
摘要：两年多来，COVID-19 一直对全世界构成威胁自 2019 年 12 月在中国武汉市爆发以来。 SARS-CoV-2，病原体，已被证实随着时间的推移，它们会发生变异，从而暴露出新的变体。迄今为止，还没有找到针对这种疾病的完美疗法。这项研究概述了一种广泛的计算机模拟方法，用于仔细检查针对 SARS-CoV-2 Omicron 变体的刺突蛋白和主要蛋白酶 (M) 的某些植物化学化合物（主要是黑孜然种子）。本研究的目的是研究提取的化合物，以开发针对相关 SARS-CoV-2 变体的潜在抑制剂。该研究考虑了药物相似性分析、分子对接研究、ADME 和毒性预测以及分子动力学模拟，以阐明测试化合物的不同植物化学和药理学特性。根据药物相似性参数，本研究共筛选出 96 种植物化学成分。有趣的是，化合物中的 Nigelladine A 与具有相同绑定的两个目标表现出最高的对接分数。ng 亲和力为-7.8 kcal/mol。然而，二百里醌、山奈酚、奈杰拉定 B、奈杰拉定和奈杰拉定硫酸盐显示出值得提及的对接分数。在 GROMOS96 43a1 力场下模拟了高达 100 纳秒的分子动力学，显示出顶部对接分数的蛋白质-配体复合物。模拟过程中评估了均方根偏差 (RMSD)、均方根波动 (RMSF)、回转半径 (Rg)、溶剂可及表面积 (SASA) 和氢键数量。从这些发现来看，本研究表明 Nigelladine A 在所选分子中显示出最有希望的结果。然而，该框架仅解释一组对选定植物化学物质的计算分析。需要进一步研究来验证该化合物作为对抗 SARS-CoV-2 选定变体的有前途的药物。