虚拟筛选用于治疗 COVID-19 的奇迹草药靶向核衣壳蛋白和木瓜蛋白酶样蛋白酶的植物成分。
摘要来源：
《生物分子结构动力学杂志》。 2020 年 12 月 8:1-21。 Epub 2020 年 12 月 8 日。PMID：33289456
摘要作者：Sahabjada Siddiqui、Shivbrat Upadhyay、Rumana Ahmad、Anamika Gupta、Aditi Srivastava、Anchal Trivedi、Ishrat Husain、Bilal Ahmad、Maqusood Ahamed、Mohsin Ali Khan
文章隶属关系：Sahabjada Siddiqui
摘要：严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 是 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 的新型病原体，俗称黑籽或黑籽小茴香，自数千年来一直是一种历史悠久的传统植物年。根据其治疗功效，从种子和种子油中筛选出萜类化合物和黄酮类化合物的主要成分。本研究旨在使用基于结构的虚拟筛选方法检查主要植物成分对 SARS-CoV-2 五个潜在靶标的抗病毒功效。在 25 种植物成分中，有 10 种成分对两种病毒蛋白核衣壳蛋白 N 末端 RNA 结合域（NRBD；PDB ID：6M3M）和 SARS-CoV 的木瓜蛋白酶（PL-；PDB ID：6W9C）表现出最佳结合亲和力-2 使用 AutoDock 4.2.6、AutoDock Vina 和 iGEMDOCK。使用 Lipinskis 五法则对所有十种植物成分进行 PASS 分析显示出有希望的结果。此外，使用 OSIRIS Data Warrior v5.2.1 软件进行的药物相似性和毒性评估显示了植物成分作为候选药物的可行性，且没有预测毒性。 SARS-CoV-2核衣壳蛋白-α-菠甾醇复合物和PL-环桉烯醇的NRBD分子动力学模拟研究复合物在 300 K 下表现出很强的稳定性。这两种复合物在整个模拟运行时间内都表现出恒定的蛋白质侧链和 Cα 原子均方根偏差 (RMSD)。有趣的是，PL-和 NRBD 是病毒复制、宿主细胞免疫逃避和病毒组装的关键蛋白。因此，NRBD和PL-有潜力在抗击COVID-19的药物发现过程中作为植物成分的治疗靶点。