一种计算基本动力学方法，用于研究配体结合对 SARS-CoV-2 木瓜蛋白酶样蛋白酶的结构影响。
摘要来源：Comput Biol Chem 。 2022 年 6 月 28 日；99:107721。 Epub 2022 年 6 月 28 日。PMID：35835027
摘要作者：Ekampreet Singh、Rajat Kumar Jha、Rameez Jabeer Khan、Ankit Kumar、Monika Jain、Jayaraman Muthukumaran、Amit Kumar Singh
文章隶属关系：Ekampreet Singh
p>摘要：木瓜蛋白酶样蛋白酶（PLpro）是一种来自冠状病毒科病毒的半胱氨酸蛋白酶。冠状病毒具有正义单链RNA，可翻译含有病毒结构蛋白、非结构蛋白和辅助蛋白的两种病毒多肽。 PLpro 负责从病毒多肽上切割 nsp1-3。 PLpro 还具有去泛素化和去 ISGlyating 活性，可将病毒与宿主免疫系统隔离。 PLpro 的这一不可或缺的属性使其成为令人感兴趣的药物靶标蛋白质。本研究旨在分析配体结合对 PLpro 的结构影响。首先，根据 ZINC-in-trials 库筛选 PLpro，根据估计的结合亲和力和相互作用模式从中鉴定出四种先导化合物。接下来，根据分子对接结果，对ZINC000000596945、ZINC000064033452和VIR251（对照分子）进行分子动力学模拟。该研究利用主成分分析、动态互相关矩阵、自由能景观和时间依赖性基本动力学评估了全局和基本动力学分析，以预测在模拟环境中配体结合时在 PLpro 中观察到的结构变化。 MM/PB基于 SA 的两个选定分子 ZINC000000596945 (-41.23 ± 3.70 kcal/mol) 和 ZINC000064033452 (-25.10 ± 2.65 kcal/mol) 的结合自由能计算显示出显着的值，表明它们是 SARS-CoV PLpro 的潜在抑制剂-2。