用白桦茸靶向 SARS-CoV-2：一项开发天然抗病毒化合物的计算机研究。
摘要来源：食品科学营养。 2021 年 12 月；9(12):6513-6523。 Epub 2021 年 10 月 20 日。PMID：34900242
摘要作者：Jehane Ibrahim Eid、Biswadeep Das、Majdah Mohamed Al-Tuwaijri、Wesam Taha Basal
文章隶属关系：Jehane Ibrahim Eid
摘要：新型冠状病毒（SARS-CoV-2）已引起全球大规模爆发，主要通过其刺突（S）蛋白与人类血管紧张素转换酶-2（ACE-2）受体的相互作用介导进入宿主细胞。由于迄今为止还没有针对 SARS-CoV-2 的有效治疗方法，因此迫切需要探索具有有效功效的新化合物的功效初步抗病毒活性。在这项研究中，我们利用分子对接、MD 模拟和系统发育分析。白桦茸的 β 聚糖、桦木酸和半乳甘露聚糖成分表现出强烈的结合相互作用（-7.4 至 -8.6 kcal/mol），与 RBD 的病毒 S1 羧基末端结构域形成多价氢键和非极性键。具体来说，β 聚糖的最佳相互作用位点包括 ASN-440、SER 373、TRP-436、ASN-343 和 ARG 509，平均结合能为 -8.4 kcal/mol。半乳甘露聚糖的最佳相互作用位点包括 ASN-437、SER 373、TRP-436、ASN-343 和 ALA 344，平均结合能为 -7.4 kcal/mol；桦木酸的最佳相互作用位点是 ASN-437、SER 373、TRP-436、PHE 342、ARG 509 和 ALA 344，它们与S-蛋白（ΔG = -8.1 kcal/mol）。对接结果还与 S 蛋白结合类似物 NAG 进行了比较，并显示与配体 (-8.67 kcal/mol) 相比具有相似的结合亲和力。此外，使用全球分离株的系统发育分析表明，当前的 SARS-CoV-2 分离株在 RBD 中具有弗林蛋白酶裂解位点 (NSPRRA)，而之前的分离株中不存在该位点，这表明当前病毒通过增加与 ACE-2 的相互作用。结果表明，白桦茸可能是一种有效的天然抗病毒药物，可以补充现有的抗 SARS-CoV-2 药物。