先进的网络药理学研究揭示了基于数据挖掘,分子建模和微阵列数据分析,Bacopa Monnieri在肝癌中的多条纹和多基因调节分子机制。
Comput Biol Med. 2023 May 21 ;161:107059. Epub 2023 May 21. PMID: 37244150
穆罕默德·萨达卡特(Muhammad Sadaqat)
肝癌是一种恶性肿瘤,在表面或肝内生长。主要原因是患有乙型肝炎或C病毒的病毒感染。天然产品及其结构类似物历史上对药物疗法做出了重大贡献,尤其是对癌症。研究列表证明了Bacopa Monnieri对肝癌的治疗功效,但确切的分子机制尚待发现。这项研究结合了数据挖掘,网络药理学和分子对接分析,通过鉴定有效的植物化学物质来彻底改变肝癌治疗。最初,从文献以及公开可用的数据库中检索了有关B. monnieri的活性成分和靶基因的信息。基于B. monnieri潜在靶标和肝癌靶标之间的匹配结果,使用字符串数据库构建了蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)网络,并根据其连接程度进口到Cytoscape中,以筛选集线器基因。后来,使用Cytoscape软件构建了化合物和重叠基因之间的相互作用网络,以分析Monnieri B. monnieri对肝癌的网络药理前瞻性影响。基因本体论(GO)和枢纽基因的KEGG途径分析表明,这些基因与癌症相关途径有关。最后,使用微阵列数据(GSE39791,GSE76427,GSE22058,GSE87630和GSE112790)分析了核心目标的表达水平。此外,GEPIA服务器和PYRX软件分别用于生存和分子对接分析。总而言之,我们提出槲皮素,叶黄素,阿昔霉素,儿茶素,epicatechin,Stigmasterol,β-塞托醇,celastrol和betulic Acid通过影响肿瘤蛋白53(TP53),Iltleukin 6(IL6),Rac-Al-Alpha/therpha ser-alpha sernonine serinone stot kot kot kattion otains 1(IL6),抑制肿瘤的生长。 CASPASE-3(CASP3),肿瘤坏死因子(TNF),JUN Proto-concogene(JUN),热量蛋白90 AA1(HSP90AA1),血管内皮生长因子A(VEGFA)(VEGFA),表皮生长因子受体(EGFR)和SRC Proto Proto-nocogeen(SRC Proto-nocogeen)(SRC Proto-nocogen)(SRC)。通过微阵列数据分析,发现JUN和IL6的表达水平上调,而HSP90AA1的表达水平被发现下调。 Kaplan-Meier生存分析表明,HSP90AA1和JUN是有希望的候选基因,可以用作肝癌的诊断和预后生物标志物。此外,对60NS的分子对接和分子动力学模拟很好地补充了该化合物的结合亲和力,并揭示了对接位点预测化合物的强稳定性。使用MMPBSA和MMGBSA计算结合自由能,验证了HSP90AA1和JUN的化合物和结合口袋之间的强结合亲和力。尽管如此,在体内和体外研究还是必须揭示药代动力学和生物安全特征,以完全跟踪肝癌中的蒙尼埃里的候选水分状态。