在人类蛋白质上检测到 3,751 个镁结合位点。
摘要来源：BMC 生物信息学。 2012 年；13 增刊 14：S10。 Epub 2012 年 9 月 7 日。PMID：23095498
摘要作者：Damiano Piovesan、Giuseppe Profiti、Pier Luigi Martelli、Rita Casadio
文章所属单位：生物计算小组，生物系，博洛尼亚大学，博洛尼亚，40126，意大利。
摘要：背景：由于镁离子在几个重要生物过程中的相关性，分子医学领域的镁研究不断增加以及相关的分子发病机制。从蛋白质共价结构中预测人链是否参与镁结合仍然很困难。这主要是由于有关蛋白质和蛋白质中镁结合位点的结构特征的信息很少。n 个复合体。与其他二价阳离子（例如钙和锌）不同，镁的结合特征是难以捉摸的。在这里，我们解决一个与蛋白质注释相关的问题：有多少人类蛋白质可以结合 Mg2+？我们的分析是利用最近实施的博洛尼亚注释资源 (BAR-PLUS) 进行的，这是一种非层次聚类方法，依赖于来自超过 300,000 个物种的约 1400 万个蛋白质的成对序列比较，并将它们分组为可以安全注释的簇。统计验证后继承。
结果：最新版本的聚类分配后人类蛋白质组中，我们可以为其分配推定镁结合位点的人类蛋白质总数为 3,751 个。在这些蛋白质中，2,688 个直接从人类模板继承注释，1,063 个从其他生物体模板继承注释。蛋白质结构非常不利服务于给定集群内。将给定序列与通过基于隐马尔可夫模型 (HMM) 的程序获得的表征给定簇的蛋白质结构进行比对后，结构特性的转移是可能的。有趣的是，一组 370 个人类序列从模板继承了 Mg2+ 结合位点，与模板的序列同一性低于 30%。
结论：<我们描述并提供了“人类镁小体”，这是一组继承了镁离子假定结合的人类蛋白质组蛋白质。利用我们的BAR-hMG，包括对应于387个序列的1,341个镁结合蛋白结构的251个簇足以将3,751个人类序列中的一些13,689个残基注释为“镁结合”。因此，蛋白质结构充当人类序列的结构和功能注释的三维种子。该数据库专门收集了所有可以注释的人类蛋白质根据我们的“镁结合”程序，相应的结构和 BAR+ 簇从中导出注释 (http://bar.biocomp.unibo.it/mg)。