单宁对丙型肝炎病毒 NS3/4A 的抑制和宿主免疫调节：结构视角。
摘要来源：分子。 2022 年 2 月 5 日；27(3)。 Epub 2022 年 2 月 5 日。PMID：35164341
摘要作者：Vishal S Patil、Darasaguppe R Harish、Umashankar Vetrivel、Subarna Roy、Sanjay H Deshpande、Harsha V Hegde
文章隶属关系：Vishal S Patil
摘要：Retz。它是传统民间医学的重要组成部分，据报道还具有抗丙型肝炎病毒 (HCV) 和免疫调节活性。然而，有关该植物的植物化学物质与 HCV 和人类蛋白质分子间相互作用的信息尚未确定。因此，通过当前的研究，我们通过计算机策略研究了植物化合物的 HCV NS3/4A 抑制和宿主免疫调节活性，涉及网络药理学和结构生物信息学技术。首先，植物化学数据集是根据生物数据库和已发表的文献整理的。此外，使用 BindingDB 预测了植物化合物对 HCV NS3/4A 和涉及免疫系统的其他可能宿主靶标的靶向能力。此外，使用通过 POAP 管道执行的 AutoDock Vina 将识别出的目标对接至植物化学数据集。对所得具有显着结合能的对接复合物进行 50 ns 分子动力学 (MD) 模拟，以推断复合物形成的稳定性。在网络药理学分析过程中，使用 STRING 和 Reactome 通路数据库对宿主靶标的基因集通路进行富集。此外，使用 Cytoscape 3.6.1 构建了化合物、蛋白质和途径之间的生物网络。此外，还使用 MolSoft、ADVERpred 和分别为 PreADMET 方法。在 41 种选定的化合物中，有 10 种预计能靶向 HCV NS3/4A，并且还具有类似药物和无毒的特性。在这 10 个分子中，Chebulagic Acid 和 1,2,3,4,6-Pentagaloyl 葡萄糖表现出有效的 HCV NS3/4A 抑制活性，因为它们的最低结合能 (BE) 为 -8.6 kcal/mol 和 -7.7 kcal/ mol 与活性位点残基分别具有 11 和 20 个分子间相互作用。这些发现与 Asunaprevir（已知的 HCV NS3/4A 抑制剂）高度相似，后者在 20 个关键分子间相互作用下的 BE 为 -7.4 kcal/mol。 MD 研究还强烈表明，chebulagic 酸和 1,2,3,4,6-五没食子酰葡萄糖是有希望的先导化合物，因为这些分子在 50 ns 的生产运行过程中显示出稳定的结合。此外，对 18 个蛋白质靶点的基因集富集和网络分析优先考虑了 10 种化合物，预计它们可能调节宿主免疫系统、止血、细胞因子水平、白细胞介素信号通路和血小板聚集。综合分析，本研究预测单宁具有潜在的 HCV NS3/4A 抑制和宿主免疫调节活性。但其功效还需要进一步的实验研究来证实。